Зависание, перезагрузка и др.

 А также проверьте разделы реестра:
HKEY_CURRENT_USER \Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run
HKEY_CURRENT_USER \Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\RunOnce
HKEY_LOCAL_MACHINE \SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\RunOnce
HKEY_LOCAL_MACHINE \SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\RunOnceEx
HKEY_LOCAL_MACHINE \SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\RunServicesOnce
HKEY_CLASSES_ROOT \comfile\shell\open\command
HKEY_CLASSES_ROOT \exefile\shell\open\command

В последние два раздела иногда записывают ссылку на себя трояны, чтобы запускаться при старте любого исполняемого com- или exe-файла.
DOS-программы могут запускаться также из файлов config.sys, autoexec.bat и win.bat.
Александр Рыжов www.sovety.net

Проверять также следует строки shell= и explorer= в файле win.ini
Akina

Кроме этого, в момент загрузки ядра/GUI (часть подсистем уже проинициализирована) Windows пытается найти в своём каталоге и выполнить командный файл winstart.bat. Такой способ позволяет загрузить некоторые программы, которые не могут быть запущены из autoexec.bat (например, драйвер btrieve для NetWare).
Алексей Ломовских http://vallkor.chat.ru

Файл winstart.bat обрабатывается после загрузки ядра Windows 9x, но до загрузки графического интерфейса (GUI). Windows Me этот файл не обрабатывает.
Игорь Лейко http://www.redline.ru/~ipl

Если во время запуска Windows Вы будете удерживать нажатой клавишу <Ctrl>, то программы, помещённые в группу Автозагрузка (StartUp), запускаться не будут.
Дмитрий Турецкий http://www.listsoft.ru

Для этих же целей можно использовать клавишу <Shift>.
Игорь Лейко http://www.redline.ru/~ipl

Вы можете изменить рисунок, который появляется перед входом в систему, изменив строковый параметр "Wallpaper" раздела реестра

HKEY_USERS\DEFAULT\Control Panel\Desktop
так, чтобы он указывал на BMP-файл, который Вы хотите использовать как фон (например "c:\windows\mylogo.bmp").
Simon Clausen http://www.regedit.com
Перевод: Андрей Зенченко http://crimsoft.newmail.ru

При установленном сетевом протоколе Microsoft TCP/IP в Windows 98 Второе издание может наблюдаться следующая проблема: система перестаёт отвечать ("зависает") после начала процедуры выключения компьютера (на экране присутствует сообщение "Microsoft Windows 98. Завершение работы Windows", а сообщение "Теперь питание компьютера можно выключить" не появляется). Для решения проблемы в разделе реестра

HKEY_CURRENT_USER\Control Panel\Desktop
создайте новый параметр типа DWORD с именем "ShutDownWaitTime" и установите в качестве его значения интервал времени в миллисекундах, в течение которого система будет находиться в режиме ожидания, прежде чем начать процесс выключения. Данное значение подбирается эмпирически. Изменение необходимо производить в сторону увеличения. Значение по умолчанию равно 1000 мс.
Статья R11046 сборника технических статей Microsoft
http://www.microsoft.ru/catalog